Η ΜΕΕ υπάγεται και αναφέρεται λειτουργικά (functionally) στην ΕΕ του Συμβουλίου της ΕΚΚ και διοικητικά (administratively) στον Πρόεδρο ή και στον Αντιπρόεδρο της EKK.
Οι κύριες αρμοδιότητες της MEE περιλαμβάνουν την παροχή ανεξάρτητων, αντικειμενικών διαβεβαιώσεων και συμβουλευτικών υπηρεσιών, σχετικά με τις λειτουργίες της ΕΚΚ. Αποστολή της MEE είναι να λειτουργεί υποβοηθητικά για την επίτευξη των στόχων της ΕΚΚ, μέσα από την υιοθέτηση μιας συστηματικής και πειθαρχημένης προσέγγισης, για τις ανάγκες της οποίας η MEE αξιολογεί και εισηγείται τρόπους βελτίωσης της αποτελεσματικότητας της διακυβέρνησης (governance), της διαχείρισης κινδύνων (risk management) και των διαδικασιών ελέγχου (control processes).